Στις 2 Ιουνίου 2006 πραγματοποιήθηκε στην Λευκωσία της Κύπρου η 3η Συνεδρίαση της Επιτροπής Καθοδήγησης του Προγράμματος INTERREG ΙΙΙΑ/ Ελλάδα-Κύπρος, με την συμμετοχή του Γενικού Γραμματέα Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου κ. Σέργιου-Σπυρίδων Τσίφτη. Αντικείμενο των εργασιών της Επιτροπής Καθοδήγησης ήταν ή ένταξη νέων κοινών έργων, που υποβλήθηκαν με την συνεργασία φορέων από τις δύο χώρες Ελλάδα και την Κύπρο. Τα μέλη της Επιτροπής Καθοδήγησης αποφάσισαν να εντάξουν 35 νέα έργα στο πρόγραμμα συνολικού προϋπολογισμού 18.028.252 Ευρώ.
Ειδικότερα, 12 νέα έργα με συνολικό προϋπολογισμό 6.488.700 Ευρώ έχουν εφαρμογή και στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, τα οποία εντάσσονται στα παρακάτω Μέτρα του προγράμματος.
Στο Μέτρο που στοχεύει στην Ενίσχυση της Διασυνοριακής Επιχειρηματικότητας εντάχθηκε το έργο «Δημιουργία δομών στήριξης της Διασυνοριακής Επιχειρηματικότητας και ενίσχυση της εξωστρέφειας των επιχειρήσεων στην διασυνοριακή περιοχή Ελλάδας-Κύπρου» με Τελικό Δικαιούχο τον Επιμελητηριακό Όμιλο Ανάπτυξης Ελληνικών Νήσων (ΕΟΑΕΝ) και προϋπολογισμό 1.519.780 Ευρώ.
Στο Μέτρο που αφορά τους Ανθρώπινους Πόρους και την προώθηση της Απασχόλησης εντάχθηκαν τα έργα:
* «Κατάρτιση Ελλήνων και Κύπριων Δημοσίων Υπαλλήλων σε θέματα του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών Ελλάδας και του Υπουργείου Οικονομικών Κύπρου» με Τελικό Δικαιούχο την Σχολή Επιμόρφωσης Υπαλλήλων Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών και προϋπολογισμό 750.000 Ευρώ.
* «Διασυνοριακά Προγράμματα κατάρτισης στελεχών Δημόσιας Διοίκησης Ελλάδας-Κύπρου» με Τελικό Δικαιούχο το Διαβαλκανικό Ινστιτούτο Δημόσιας Διοίκησης και προϋπολογισμό 1.081.530 Ευρώ.
* «Προγράμματα κατάρτισης σε τεχνικά επαγγέλματα ανέργων σε Ελλάδα και Κύπρο» με Τελικό Δικαιούχο τον ΟΑΕΔ και προϋπολογισμό 597.950 Ευρώ.
Στο Μέτρο που αφορά την Συνεργασία των Εκπαιδευτικών και Ερευνητικών Ιδρυμάτων θα υλοποιηθούν οι εξής πράξεις:
* «Διερεύνηση των επιπτώσεων των ανθρωπογενών δραστηριοτήτων στην ποιότητα του παράκτιου περιβάλλοντος και ανάδειξη περιβαλλοντικής ποιότητας στα πλαίσια διαχείρισης της παράκτιας ζώνης, σύμφωνα με την οδηγία 2000/60» με προϋπολογισμό 300.000 Ευρώ και Τελικό Δικαιούχο το Πανεπιστήμιο Αιγαίου.
* «Έρευνα και ανταλλαγή τεχνογνωσίας για την εκτίμηση της επικινδυνότητας ιζημάτων λιμένων στο Βόρειο Αιγαίο και την Κύπρο» με Τελικό Δικαιούχο το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και προϋπολογισμό 305.000 Ευρώ.
* «Διακρατικές δράσεις έρευνας, εκπαίδευσης και εισαγωγής τεχνολογικών καινοτομιών στις υπηρεσίες για την πρόληψη και τον έλεγχο της βίας σε ανηλίκους» με Τελικό Δικαιούχο το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και προϋπολογισμό 240.000 Ευρώ.
Στο Μέτρο της Προστασίας της Υγείας εντάχθηκε το έργο «Ενοποιημένο Δίκτυο τηλεϊατρικής Ελλάδας-Κύπρου με ολοκληρωμένα ευρυζωνικά δορυφορικά και επίγεια δίκτυα ΤΗΛΕΙΠΠΟΚΡΑΤΗΣ» με Τελικό Δικαιούχο το Νοσοκομείο Χίου και προϋπολογισμό 370.000 Ευρώ.
Στο Μέτρο που αφορά την Προστασία Ανάδειξη και Διαχείριση του φυσικού περιβάλλοντος εντάχθηκαν τα έργα:
* «Διασυνοριακό Σχέδιο αξιοποίησης και αξιολόγησης της ομαλής (αβαθούς) γεωθερμίας στους Δήμους Μούδρου και Γεροσκήπου » με Τελικό Δικαιούχο τον Δήμο Μούδρου και προϋπολογισμό 421.440 Ευρώ.
* «Σύστημα εκτίμησης περιβαλλοντικών επιπτώσεων από τις ιχθυοκαλλιέργειες» με Τελικό Δικαιούχο το Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών και προϋπολογισμό 430.000 Ευρώ.
Στο Μέτρο που στοχεύει στην Ανάδειξη και προβολή των πολιτιστικών πόρων, εντάχθηκαν τα έργα:
* «Ανάδειξη και προβολή της εκκλησίας του Αγίου Κηρύκου στην Λετύμπου και Ικαρία» με Τελικό Δικαιούχο την Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Σάμου και προϋπολογισμό 93.000 Ευρώ.
* «Σχέσεις και οσμώσεις του Αθωνικού Μοναχισμού με την Ανατολική Μεσόγειο» με Τελικό Δικαιούχο το Μετόχι Τρύγης της Ιεράς Μονής Σίμωνος Πέτρας και προϋπολογισμό 300.000 Ευρώ.
Συνολικά από την έναρξη υλοποίησης του προγράμματος, στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου υλοποιούνται 20 έργα συνολικού προϋπολογισμού 16.669.044 Ευρώ.